La formación de Oficiales para la Marina Mercante en Chile, se inició el 1º de Marzo de 1844 cuando se crea la Escuela Náutica de Ancud, teniendo como primer Director a don Esteban König, ex oficial de la Corbeta “Oriental”, buque escuela francés que naufragó el 13 de Junio de 1839 en la “Roca del buey”, a la salida de Valparaíso.

Posteriormente, en 1865, la Escuela Náutica de Ancud cerró sus puertas, dando paso a un período de recesión. A partir de esa fecha, la formación de oficiales funcionó en diversos lugares y por distintos períodos, entre ellos, la Escuela de Pilotines de “Ancud”, Corbetas “O’Higgins”, “Pilcomayo”, “Casma” y “Abato”, Fragatas “Lautaro” y “Cochrane”, Transporte “Errázuriz” y cuartel “Silva Palma” en Valparaíso.

A contar del año 1939 la escuela funcionó en la Fragata “Baquedano” hasta 1948. A contar de esa fecha, se fusiona con la Escuela Naval, extenso y fructífero período que duró hasta el año 2000, dado que a contar del año 2001 los alumnos iniciaron su formación en la Universidad Marítima de Chile (UMACH). Posteriormente y por una resolución de la UMACH, esta es absorbida por la Universidad Nacional Andrés Bello (UNAB), sede Viña del Mar, lo que se concretó a contar del año 2008. A contar del año 2009, la UNAB abrió nueva sede en la ciudad de Concepción, donde se dicta la carrera.

Paralelamente, la Universidad Austral de Chile (UACH), retomó la formación de Oficiales de Marina Mercante a contar del año 1997, dado que en la década del 70 ya la había iniciado pero se suspendió unos años más tarde.

Por su parte, la formación de Tripulantes para la Marina Mercante, se realiza en la Escuela de Tripulantes y Portuaria de Valparaíso (ETRIPORT), que nació en 1966 al alero del ex Instituto del Mar de la Universidad Católica de Valparaíso. La ETRIPORT es administrada por la Corporación Educacional Instituto del Mar, entidad privada sin fines de lucro, sucesora del ex Instituto del Mar.